В школе над ней издевались, а живущие вместе бабушка и дедушка относились холодно. Такова была жизнь девушки по имени Мидзуки Аогава. Однажды зимней ночью она садится в странный черный автобус и оказывается в невиданном городе. Люди здесь передвигаются на летающих мётлах и коврах-самолётах... Погодите, это же Токио? Это оказался параллельный мир, где в XX веке открыли магию, и он развивался с помощью науки и волшебства. Поступив в школу чародейства с часовой башней, Мидзуки встречает пушистоволосого юного волшебника Акиру и грубоватого мальчика-маготехника Кирито. Вместе они вступают в «команду», которая ищет «магию, способную изменить мир».