20XX год, недалёкое будущее, всего через несколько десятилетий от нашего времени. В мире, где внезапно появившиеся монстры, названные «Тварями», рыщут повсюду, мальчик из неполной семьи, Синдзи Камидзаки, наслаждается мимолётным покоем в токийской колонии под властью Японии. Однако часть стаи Тварей, с которыми сражалась армия, сбегает в токийскую колонию, и мирная повседневность превращается в кошмар наяву. Пока колония охвачена хаосом из-за нашествия чудовищ, Синдзи случайно забирается в один из прототипов человекоподобного боевого механизма «COA» — и с этого момента шестерёнки его судьбы начинают вращаться в бешеном ритме...