Современный мир находится под угрозой таинственных разумных существ, называемых «магическими девочками». Обладая сверхчеловеческими способностями и обликом юных дев, они сеют хаос. Противостоять им способен лишь отряд MSB — спецподразделение, состоящее из девушек, чьи тела усилены клетками MS. Сотрудница отряда, Сэцуна Кандзаки, движима желанием уничтожить всех магических девочек из-за трагического события в прошлом. Но однажды она встречает магическую девочку по имени Машу, которая обращается к ней с неожиданной просьбой: «Не хочешь ли ты стать моим другом?» Судьбы девушки, охотящейся на магических девочек, и той, что мечтает подружиться с человеком, переплетаются. Начинается жестокая современная история с элементами юри и экшена, где каждый шаг может стать последним.