В современном мире, где магия стала стройной системой, родился мальчик по имени Синхара Юто — носитель «аномальной вибрации», не вписывающейся ни в одну из известных категорий. Государство навешивает на него ярлык «носителя пространственного дефекта» — опасного фактора, способного одним срывом стереть с лица земли целый город. Однако если эту силу удастся обуздать, она станет рычагом, способным поколебать равновесие целых наций. Именно под этим предлогом Юто отправляют в элитную магическую академию, где обучение сочетается с тотальным наблюдением. Его опора — верный ИИ-напарник «Альта», с которым они неразлучны ещё с военных объектов. В стенах академии Юто встречает двух девушек: гениальную специалистку по пространственному вмешательству Рэйну Микадо и неординарную Судзуки Амаги, сочетающую таланты к наблюдению и бою. Впервые в жизни, окружённый ими, Юто, кажется, обретает обычную повседневность. Но тишина обманчива — за кулисами академии переплетаются интриги государства и чужеземных держав, и вскоре Юто становится целью для «захвата».