Жаркое лето. Утро каникул. Десятиклассник Кодзи Нода узнаёт от дяди-полицейского, что его одноклассница Минори Касаи покончила с собой на пляже. Такая серьёзная и примерная девушка — и вдруг свела счёты с жизнью? В тот же вечер Кодзи случайно встречает на улице другую одноклассницу, Това Юфунэ. Когда он рассказывает ей о смерти Минори, Това неожиданно предлагает вместе расследовать это дело. Оказывается, они с погибшей были лучшими подругами с средней школы, но с начала старшей Минори стала отдаляться. «Давай откроем детективное агентство на летних каникулах. С сегодняшнего дня ты — Конан, договорились?» — с этих слов начинается опасное расследование, которое приведёт к новым преступлениям и вскроет тёмные тайны, скрытые под маской обычной школьной жизни.