Гениальный хакер Рэй вместе с тремя искусственными интеллектами — Наги, Мио и Хо — обустраивает «Лабораторию Света» в кабинете естественных наук академии Тоцу. Здесь он встречает Юдзу, девушку, которую считают «шумом» в отлаженной системе школы. Казалось, их ждёт яркая, радужная повседневность, но внезапно появляется Саэко — жена директора школы и фанатичная приверженка эффективности. Она объявляет Юдзу «бракованным элементом» и принимает решение отправить её в исправительное учреждение закрытого типа. Дождливой ночью, на грани отчаяния, Рэй заключает с директором «сердечный» контракт. Когда холодный приказ Саэко об изгнании сотрясает лабораторию, Рэй интуитивно улавливает истинный замысел, который директор скрывал всё это время: сделать Юдзу «невидимым обитателем» этой лаборатории.