Сто пятьдесят тысяч лет назад существовала цивилизация, намного превосходившая современную. Гениальный учёный теряет любимую жену из-за неизвестной болезни. В отчаянии он создаёт не искусственный интеллект. Ядерный разум — первый в мире интеллект, способный видеть, учиться и расти самостоятельно. Названное «Ковчегом» маленькое существо вместе с учителем смотрит на небо, любит цветы и познаёт красоту мира. Проходит сто пятьдесят тысяч лет. Это история о доброте, передаваемой в будущее. И ещё одно начало, ведущее к «Zero Sen Musou» (Легендарный нулевой истребитель).