Однажды главный герой получает загадочную книгу правил под названием «Rules of the Deeplayer» — настольную ролевую игру, описывающую тайные механизмы мира. В ней рассказывается о «Когнитоме» — компьютерной системе, управляющей всеми ID на планете, и об энергетических частицах «Нейротрионах», возникающих при её масштабных вычислениях. Элитная группа «Синдикат» тайно разрабатывает технологию Нейротрионов, чтобы подчинить Когнитом и в конечном счёте обрести полубожественную силу. Обычный парень Сирано Ясуки, получив способность использовать Нейротрионы благодаря книге правил, превращается в тайного агента Куросаки Тору. Используя навыки шпионажа и ролевую игру, он вступает в опасную борьбу за контроль над миром. Сможет ли он раскрыть заговор Синдиката и предотвратить техногенную катастрофу?