В далёком прошлом Японии, среди бесконечных битв ниндзя, появилась таинственная группа «Каракури-ниндзя» — отряд андроидов-куноити, владеющих древним искусством «Эдзо-рю Каракури Нинпо». Эти механические воины обладали невероятной боевой мощью и интеллектом, подавляя любые вражеские школы. Однажды юный наследник клана Кога, Наоки, едва не сорвался со скалы после жестокой схватки, но был спасён прекрасной андроид-куноити по имени Юри. Постепенно узнавая правду о каракури-ниндзя, Наоки не только проникается к ним уважением, но и влюбляется в свою спасительницу. Три великих школы ниндзя — Ига, Кога и Тогакуси — объединяются, чтобы уничтожить механических соперников. Но в разгар войны врата ада распахиваются, выпуская на землю орды злых духов, ёкаев и они. Теперь бывшим врагам придётся объединиться, чтобы ценой многих жертв вернуть мир в этот мир.