2××× год. В одном японском городе внезапно появляется разумная сущность, несущая угрозу всей стране. Её называют «Повелителем тьмы» (Найтмэр Гаргойл), и она становится всеобщим врагом. На борьбу с монстрами встают магические девочки, приписанные к разным муниципалитетам. Они сражаются в одиночку или объединяются с товарищами, чтобы одолеть Найтмэр Гаргойлов. Но когда погибает одна из них — сильнейшая волшебница в истории — весь ход событий меняется. «Я просто хочу сказать ему спасибо...!» — эта просьба запускает цепь трагических и тёмных откровений.