Прошло более десяти лет с тех пор, как паровозы связали крупные города... В столице, охраняемой одинокой сакурой на холме, школьница Юрако Сакураги ищет свою старшую сестру Харуко, бесследно исчезнувшую четыре года назад. В том же году в женской академии Мидзутани, где училась Харуко, погибли две девушки: одна покончила с собой, другая стала жертвой несчастного случая. Официально эти события сочли не связанными, но Юрако уверена, что совпадение слишком странное. В день, когда зацвела слива, она встречает юношу по имени Сёя и с его помощью начинает распутывать нити прошлого, следуя по следам Харуко. Ведь Юрако должна найти сестру до того, как сакура осыплется...