1868 год. В трюме парохода «Шинномару», плывущего к новым землям, главный военный врач сёгуната Мацумото Рёдзюн мечется в муках выбора. Чтобы спасти миллион переселенцев от оспы, он решается на жестокую «вариоляцию» — прививку живым вирусом от одного ребёнка к другому. Но когда корабль застревает в дьявольских водах у экватора, из моря поднимается истинный ужас. Привлечённые бредом больных детей, из пучины являются чудища с тёмно-зелёной чешуёй и перепончатыми лапами — «Глубинные». Высокомерного офицера мгновенно утаскивают в чёрную бездну, а приспешники древнего божества рвутся в трюм за детскими жизнями. Кажется, современная медицина терпит крах. Но в этот момент одна девочка по имени Томэ, изнемогающая от жара, ледяным и пугающе чистым голосом произносит «правильное решение»: «Им же нравится вода, да? Так дайте им то, чем вы „чисто убираетесь“, господин доктор!» Это кроваво-химическая хроника о том, как гениальная девчонка, будущая властительница фармацевтики и тяжёлой промышленности Наньшань, прогнала Бездну удушливым запахом дезинфекции и пугающим прагматизмом.