Двадцать лет спустя после Первой войны шиноби, установившей хрупкий мир, в Конохе растёт мальчик, которому суждено стать свидетелем крушения всего, что он знает. Обладая необычной родословной и отягощённый тёмным наследием, Хомура Рэйдзи готовится к одной из самых кровавых битв, которые когда-либо видели страны стихий. По мере того как война неумолимо приближается, ему предстоит решить, кем он готов стать... и что готов потерять. Это альтернативная вселенная, действие которой разворачивается в эпоху Минато. Повествование неспешное, с постепенным развитием сюжета.