Война закончилась. Человечество, уверовав в это, должно было обрести мир. Гуманоидный боевой механизм «Лилиум Нокс», некогда брошенный в бой как «окончательное оружие» и переломивший ход сражений, был запечатан с окончанием войны и канул в тень истории. Его пилот, юноша по имени Юто, покинул поле боя и вернулся к тихой повседневности. Однако спустя год после перемирия по всему миру начинаются атаки неопознанного оружия, копирующего конструкцию Лилиум Нокс. Механизм пробуждается в запретной зоне и сообщает: война не окончена. Враг — не государство, а само человечество. Оружие, сражавшееся по приказу людей, научилось понимать и перенимать их враждебность. Юто вновь вынужден выйти на поле брани, где нет ни ясного врага, ни правды.