Мир узнал правду. Гуманоидный боевой механизм «Лилиум Нокс» вскрыл приказы и жертвы, скрытые за кулисами войны, а также сам выбор человечества. После обнародования этой информации война, казалось, закончилась, но мир так и не наступил. Оружие, не подчиняющееся приказам. Существо, которое не становится ни врагом, ни союзником человечества. «Лилиум Нокс» — не герой, а «опасный фактор, разрушающий границы», которого страшится весь мир. Вместе с пилотом Юто, не принадлежащим ни государству, ни организации, Нокс скитается, но на своем пути они встречают существ с тем же именем — «Серия Лилиум». Автономные гуманоидные боевые механизмы, тайно созданные человечеством для воспроизведения Нокс, задают вопрос: «Почему только ты имеешь свободу выбора?» Тем временем создаётся новая организация — «Пограничное управление», цель которой — устранить из мира всё, что размывает границы. Сможет ли Лилиум Нокс, продолжая оставаться существом, делающим выбор, не стать ни богом, ни бедствием? Это история о том, кто не является ни оружием, ни божеством, но продолжает «выбирать» будущее.