24 век. Эпоха, когда государственные и частные компании рвутся осваивать Мистериус-Планетс — 39 богатых ресурсами миров за пределами Солнечной системы, открытых беспилотными зондами. Рютаро Нагано, сотрудник лунного отделения мелкой частной фирмы Минегуми Сёдзи, в составе экипажа списанного военного корабля Васко отправляется к последней, самой далёкой планете Мистериус-39. Но внезапно гигантская рука, возникшая из пустоты, затягивает корабль в таинственное пространство, вынуждая совершить аварийную посадку. Они оказываются на неизвестной планете земного типа, отсутствующей в данных зондов. Назвав её Мистериус-40, Рютаро и его товарищи начинают поиски пути домой. Однако на этой планете их ждут множество встреч и великий заговор…