Внезапно у подростков по всему миру начинает проявляться неизвестный орган — «магическое ядро». Оно дарует носителям невероятные физические способности, а некоторые и вовсе становятся «превосходящими» — существами, намного опередившими человечество. Опасаясь хаоса, правительства стран решают на год скрыть существование магии и собирают всех обладателей магических ядер в специальные учебные заведения. Японский школьник Нагато Судзуки, пережив мучительную вспышку силы, тоже пробуждает своё ядро. Он мечтает о бессмертии и видит в новой силе безграничные возможности. Когда тайна магии раскрывается, Нагато поступает в Международную высшую школу по подготовке реакторов, где его ждут гении со всего света и сильнейшие из «превосходящих».