История о людях, служащих на новейшей подводной лодке Морских сил самообороны Японии. Действие разворачивается в эпоху Хэйсэй, время, ещё хранящее слабую память о Сёва. Силы самообороны были созданы как оборонительная структура, способная также реагировать на стихийные бедствия. На заре своего существования они столкнулись с суровым давлением общества. Их предшественники, Полицейский резерв и Служба безопасности на море, начинали как подразделения под эгидой Управления безопасности на море. Лишь в 1954 году, в хаосе послевоенного времени, были созданы Воздушные силы самообороны и Управление обороны. Спустя пять лет после ожесточённых сражений обстановка безопасности вокруг Японии кардинально изменилась. Во втором сезоне «Субмаринеров» разворачивается новая японо-американская война, в центре которой — новейшая подводная лодка «Сэйгэй» третьего корабля типа «Тайгэй». Сын погибшего героя, Идзумо Ямато, садится на четвёртое поколение субмарины «Гэнрю» и устраивает настоящий переполох.