Что, если Учиха Шисуи не погиб в роковой день у реки Нака? Выжив после вероломного нападения Данзо и лишившись одного глаза, он инсценирует свою смерть, чтобы уйти в тень. Вместе со своим лучшим другом Итачи они начинают тайное расследование, сталкиваясь с политическими интригами старейшин, жуткими экспериментами Корня и зловещим человеком в маске, манипулирующим их кланом. Скрываясь во тьме, Шисуи должен найти способ спасти Коноху и свой род, не раскрывая себя, пока тени сгущаются над деревней, скрытой в листве.