Фотонная торпеда, установленная на борту космического линкора «Андромеда», бесследно исчезает. Федеральный космический флот, полагая, что это акт захвата оружия враждебными силами, переходит в состояние повышенной боевой готовности. Однако вскоре выясняется, что торпеда не была украдена — она самопроизвольно активировалась и совершила прыжок в неизвестное пространство. За ней отправляют поисковую группу, которая обнаруживает, что торпеда застряла в аномальной зоне на границе измерений. Там, среди обломков древних кораблей и искажённой реальности, экипаж сталкивается с тем, что их оружие стало ключом к пробуждению древней угрозы. Теперь им предстоит решить: уничтожить торпеду или рискнуть всем ради спасения галактики.