В 2616 году, после катастрофы, уничтожившей цивилизацию, человечество выживает в женских административных единицах — «сё». Мужчины живут без женщин, создавая семьи друг с другом. Старшеклассник Кагами Кёя мечтает о близости с девушкой, но общество строго регламентирует такие отношения. Случайно узнав о таинственном «Еве-мейкере», Кёя оказывается втянут в заговор, связанный с секретным проектом возрождения человечества — «Садом». Выясняется, что «Ева-мейкер» способен создавать женские тела из универсальных клеток. Но когда враги уничтожают возлюбленную Кёи, её муж пытается спасти её, используя плод, зачатый от Кёи... и на свет появляется девочка с кошачьими ушками по имени Ева. Теперь Кёе и копии личности погибшей девушки предстоит противостоять могущественным силам, скрывающим правду о «Саде». Смогут ли они с помощью «Евы-мейкера» спасти человечество и раскрыть тайну древней катастрофы?