Современная Япония. В эту мирную страну внезапно вторгаются таинственные захватчики из космоса, известные как «Гарпии». Обладая подавляющей военной мощью, они один за другим уничтожают города, ставя всё живое на Земле на грань вымирания. Среди разрушенных улиц, в атмосфере страха и отчаяния, семнадцатилетняя Амаха Сакура вместе с подругой Никайдо Нацуки изо всех сил пытается выжить. Однажды на них нападают Гарпии, но их спасает загадочная Касима Томоэ, которая знакомит девушек с секретным оружием «Кайрас» — человекоподобными машинами, управлять которыми могут только невысокие девушки. Сакура и Нацуки становятся пилотами Кайраса. Теперь их обычная жизнь сменяется жестокими сражениями, где на кону стоит судьба человечества. По мере того как раскрываются истинные цели Гарпий и скрытые тайны Кайраса, девушкам предстоит столкнуться с заговорами и своей собственной судьбой.