Человечество проиграло войну паразитическим существам «Нокс». Опустошённый Токио. Выжившие ютятся за гигантской стеной «Хронос», а внешний мир превратился в «Зону разрушения», где правят монстры. Старшеклассник Рэн Камисиро ежедневно сражается в опасных секторах как боец сопротивления «Ребеллион». Его напарница — девушка Юа Сирасузу, несущая в себе фактор Нокс. Будучи «Аномалией», обладающей силой чудовища, она одновременно защищает людей и подвергается гонениям. Внезапно в Токио появляется неопознанный сверхгигантский Нокс. А таинственный мужчина, управляющий монстром, заявляет: «Этой ночью город падёт». В городе, охваченном отчаянием, юноша и девушка втягиваются в «правду этого мира». Это история бунтарей, бросающих вызов разрушенному миру.