В мире, где существуют биологические оружия «Аберранты», созданные на основе людей, главный герой Такаси Цукисима однажды подбирает загадочную девушку. Начинается их странная совместная жизнь. Молчаливая и лишённая эмоций девушка постепенно привязывается к Такаси, и между ними завязываются отношения, напоминающие отношения приёмного родителя и ребёнка. Однако эта девушка оказывается целью исследовательского института. После нападения её похищают, а Такаси едва не погибает. Но он решает в одиночку проникнуть в лабораторию, чтобы вернуть её. Постепенно раскрывается правда об Аберрантах и искажении самого мира. Конфликт между людьми и Аберрантами обостряется, и мир склоняется к апокалипсису.