Земля погибла, но гениальный инженер, известный лишь как «Y», сумел возродить планету, используя только шестерни и часовые механизмы. Мир получил название «Часовой Планетарий», а города были построены прямо внутри гигантских шестерён. Спустя тысячу лет Наото Миура, студент и страстный любитель механизмов, живущий в киотской шестерне, обнаруживает, что в крышу его квартиры врезался ящик. Внутри оказался гроб с разбитым телом автоматона. Используя свой уникальный слух, Наото чинит автоматон по имени Рюдзу Ёрсейв, которая была сломана более 200 лет. Рюдзу клянётся в вечной верности Наото, и вскоре они встречают доктора Мари Белль Бреге — самого молодого мастера-инженера — и её телохранителя Вейни Халтера. Месяц спустя вся четвёрка оказывается в Акихабаре, став самыми опасными террористами в мире.