Прошло двадцать лет после событий первой части. Кавадзи Ёсинага учится в престижной частной старшей школе Тёэй и состоит в кружке викторин. Но над клубом нависла угроза роспуска — не хватает участников. Более того, набрать новых мешает давление со стороны студенческого совета. Чтобы спасти кружок, Ёсинага решает применить метод «охоты на клубы» и силой переманивать участников. Это привлекает внимание совета, и начинается полноценное противостояние. Ёсинаге предстоит сразиться со злом, затаившимся в школе. Столкновение сверхспособностей и интеллекта — «Битва интеллектов: Школьная война. Часть вторая» начинается!