На первый взгляд это обычная школа. Но за её фасадом скрывается тайная организация «Silens», состоящая из избранных учителей и учеников. Главный герой, Аой Миямото, только поступивший в среднюю школу, случайно попадает в эту организацию и узнаёт тёмную сторону учебного заведения. Однако никто не рассказывает ему истинную причину, по которой его выбрали. Среди дружбы, предательств и сражений Аой пытается понять, какое значение для него имеет «молчание». История мрачная, но не настолько, как кажется на первый взгляд.