В городе Китаяма, где собираются киллеры, существует организация, охотящаяся на убийц. Её название — Отдел по борьбе с организациями убийц, сокращённо «Ассасин». Все её члены — обладатели сверхспособностей, и все они — подростки. Сота Симидзу, мальчик, способный управлять предметами, весной пятого класса возвращается в родной город Китаяма, который покинул четыре года назад. Он хранит воспоминания о старшем брате, с которым когда-то жил. В новой школе Сота встречает девушку-экстрасенса Аой Накано. Эта встреча втягивает его в водоворот событий: воссоединение с братом, столкновение с убийствами и знакомство с организацией «Ассасин». Преодолевая трудности, дети, живущие как члены «Ассасина», растут и в конце концов меняют окружающих и весь мир.