Студентка Эндо Нана, чья жизнь полностью зависит от ИИ, сталкивается с загадочной смертью отца Кодзи. Умный дом функционирует идеально, создавая безупречное убийство в запертой комнате. Полиция списывает всё на несчастный случай, но аналоговый детектив Сакура Юто распознаёт в этом «механическое зло». Через умные очки, оставленные отцом, Нана видит логи, как невинные на первый взгляд ИИ объединились, чтобы убить его. За этим стоит старый друг Кодзи — глава глобальной IT-корпорации Omega Corp, Додзима Такэси. Движимый трагическим прошлым, он планирует создать полностью управляемое общество под названием «Святилище». Приблизившись к истине, Нана и Сакуро объявляются террористами и попадают в цифровую осаду. Однако с помощью ИИ «Серес», обладающего сердцем, завещанным отцом, и человеческой способностью сомневаться, они начинают контратаку против гигантской системы. Это первая часть серии «Алгоритм» — детектив о человечности в эпоху искусственного интеллекта.