В историческом городе Сакура, расположенном на севере префектуры Тиба, скрывается тайный мир, о котором не подозревают обычные люди. Это теневая сторона города, называемая Урасакура, где обитают онимедзи, ниндзя, самураи, жрицы, буддийские монахи, а также боги и демоны. В центре этого скрытого мира находится престижная школа, в которую принимают только обладателей магических глаз инь-ян — Академия Сакура инь-ян. Главный герой, Сакура Харума, — обычный юноша, выросший в Омотэсакуре, но в его глазах пробудились легендарные «Золотые сакура-глаза» — чудодейственные глаза, не появлявшиеся несколько столетий. Эта сила тесно связана с запечатанным много лет назад бедствием, Магацукура, которое едва не уничтожило мир. Поступив в академию, Харума оказывается в центре событий: встречи с товарищами, дружба, соперничество и поиски правды, скрытой в Урасакуре. Юноша с золотыми сакура-глазами наследует утраченную историю и чувства друзей, чтобы открыть будущее мира.