曾经企图征服世界的宗教结社「默示协议会阿波卡利普斯」已被人类防卫机构彻底摧毁。 然而组织虽灭，其恶意却未消散。在堺县内出现了一所标榜奇特教育方针的补习班「目进塾」——那竟是残留在家信徒为重建教团而设立的恐怖洗脑学习塾。阴谋被人类防卫机构识破后，阿波卡利普斯残党将预定洗脑的学生们劫为人质，企图乘校车逃亡。 追击他们的，是我们人类防卫机构的守护少女们。但她们面前，阿波卡利普斯的凶恶生物兵器——审判兽正成群结队地阻挡在前！